Tras administrar los fármacos que inducen la anestesia, el paciente pierde ciertos reflejos que protegen la vía aérea del paso accidental de cualquier sustancia: tragar y toser. En ese momento, si hubiera contenido en el estómago, éste podría pasar a la vía aéra y los pulmones por la ausencia de estos reflejos. Es por este motivo por el que se pide a los pacientes que guarden ciertas horas de ayuno antes de una intervención.
Por la dificultad para establecer un límite entre la sedación y la anestesia general, es preciso que el paciente que se somete a sedación cumpla los mismos requisitos de ayuno que el que se somete a una anestesia general. Aunque las dosis de los fármacos que se utilizan suelen ser mucho menores, también pueden verse disminuidos los reflejos protectores de la vía aérea y existe riesgo de broncoaspiración o aspiración pulmonar