Durante esta cirugía, se abrirá el trayecto de la fístula en toda su localización para permitir la cicatrización desde abajo hacia arriba (cicatrización por segunda intención). La cirugía puede requerir la sección de una pequeña porción del músculo del esfínter. Sin embargo, si la cantidad de esfínter implicado en la fístula es mayor, la sección puede provocar una incontinencia fecal. Por este motivo, puede ser necesario realizar otras cirugías que pretenden cerrar la fistula sin cortar el músculo.