Los riesgos más frecuentes son leves, tales como infección o sangrado de la herida, flebitis y aumento del número de deposiciones. Pero la cirugía bariátrica es una cirugía mayor, por lo que existe la posibilidad de complicaciones graves tales como sangrado e infección intrabdominal, fístula de la zona de sutura que a veces precisa reintervención, obstrucción intestinal, complicaciones anestésicas, etc. Si la cirugía se hace por laparoscopia es raro pero grave la ocurrencia de lesiones vasculares o de órganos vecinos, la embolia gaseosa o el neumotórax.
La muerte es un riesgo muy pequeño en este tipo de cirugías pero existe, se sitúa actualmente en menos del 1 %, siendo su mayor causa la enfermedad tromboembólica.