Los riesgos más frecuentes suelen ser leves como sangrado de la herida, dolor a la deglución y mala cicatrización. Una complicación muy rara es la infección de la herida y suele resolverse con medicamentos.
Los riesgos más raros pero graves tienen que ver con la localización de estas glándulas en el cuello, en la vecindad de la tráquea, esófago, arterias carótidas, venas yugulares, nervios, etc. Estos riesgos son disfonía o afonía permanente por lesión del nervio recurrente, y sangrado interior que puede obligar a reintervenir y dentro de la rareza, es más frecuente en cirugías de toda la glándula. En estos últimos casos hay que vigilar la buena función de las glándulas paratiroides durante el postoperatorio inmediato aunque la hipofunción permanente de éstas suele ser muy rara.