Como toda herida puede infectarse o sangrar, causar edema en el ano y en casos menos frecuentes causar dolor prolongado en la zona de la lesión, complicaciones que suelen resolverse con medicamentos. En casos raros, la infección puede ser importante a nivel local, causar incontinencia de gases o heces, o lo contrario, estenosis y dificultad para defecar. A pesar de un correcto tratamiento, puede reproducirse y tener que volver a operarse más tarde.